重复序列PCR与多位点分型技术在热带假丝酵母菌基因分型中的比较

检验医学 ›› 2012, Vol. 27 ›› Issue (11): 917-920.

重复序列PCR与多位点分型技术在热带假丝酵母菌基因分型中的比较

江岑¹,董丹凤¹,俞焙秦¹,彭奕冰²

上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科，上海200025

收稿日期:2012-09-10 修回日期:2012-08-02 出版日期:2012-11-30 发布日期:2012-11-14
通讯作者: 彭奕冰，联系电话：021-64370045。
作者简介:江岑，女，1987年生，主要从事真菌耐药机制的研究。

Comparative study on genotyping of Candida tropicalis by repetitive sequence-based PCR and multilocus sequence typing

Department of Clinical Laboratory，Ruijin Hospital，Shanghai Jiaotong University School of Medicine，Shanghai 200025，China

Received:2012-09-10 Revised:2012-08-02 Online:2012-11-30 Published:2012-11-14

摘要/Abstract

摘要： 目的　分析比较重复序列聚合酶链反应（REP-PCR）与多位点分型技术（MLST）在热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法　收集来自5个地区6家医院的147株热带假丝酵母菌，分别以Ca-21、Ca-22、Com-21两两组合为引物，选用最合适的引物对进行 REP-PCR后通过电泳获得REP-PCR型。在不同型别中各挑选3株采用MLST法扩增热带假丝酵母菌的6个管家基因，扩增片段测序后与数据库比对得到相应的序列型（sequence type，ST）。结果　REP-PCR以Com21-Com21为引物对分型效果最好，REP-PCR与MLST分型结果一致。147株热带假丝酵母菌产生A～H共 8种REP-PCR型，分别对应MLST的ST146、新型1、ST136、ST127、ST177、ST169、新型2和ST117。结论　REP-PCR与MLST在热带假丝酵母菌的基因分型中分辨率相同，而REP-PCR更为方便迅速，可作为实验室大量菌株分型的首选方法。

关键词: 热带假丝酵母菌, REP-PCR, MLST, 基因分型

Abstract: Objective　To compare repetitive sequence-based polymerase chain reaction（REP-PCR）and multilocus sequence typing（MLST）in genotyping of Candida tropicalis. Methods　REP-PCR was performed on 147 clinical isolates of Candida tropicalis collected from 6 hospitals of 5 provinces.Primer Ca-21，Ca-22 and Com-21 were used pairly to find the most suitable pair.Three isolates of Candida tropicalis from different REP-PCR types were tested by MLST.Six loci in housekeeping genes were sequenced after amplification，which were compared with the MLST database to obtain sequence type（ST）. Results　Eight REP-PCR types were found in 147 isolates of Candida tropicalis with primer Com21-Com21，which had the best genotyping effect.Type A-H were corresponding with ST146，NEW1，ST136，ST127，ST177，ST169，NEW2 and ST117 by MLST respectively. Conclusions　REP-PCR offers a simple and rapid method for molecular typing，which has a similar discriminatory power with MLST.Therefore，REP-PCR can be the first choice in laboratory，especially for a large number of isolates.

Key words: Candida tropicalis, Repetitive sequence-based polymerase chain reaction, Multilocus sequence typing, Genotyping

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