多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2015.10.013

检验医学 ›› 2015, Vol. 30 ›› Issue (10): 1017-1020.DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2015.10.013

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多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较

李贞, 董丹凤, 章黎华, 江岑, 彭奕冰

上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科,上海 200025

收稿日期:2015-01-12 出版日期:2015-10-30 发布日期:2015-11-04
作者简介:null
作者简介:李贞,女,1988年生,硕士,主要从事真菌流行致病及耐药机制研究。

通讯作者:彭奕冰,联系电话:021-64370045 。
基金资助:
国家自然基金面上项目(81371873);国家自然基金资助项目(81301462)

Comparison on genotyping of Candida parapsilosis by polymorphic microsatellite marker technology and repetitive sequence-based PCR

LI Zhen, DONG Danfeng, ZHANG Lihua, JIANG Cen, PENG Yibing.

Department of Clinical Laboratory, Ruijin Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine, Shanghai 200025, China

Received:2015-01-12 Online:2015-10-30 Published:2015-11-04

摘要/Abstract

摘要： 目的

比较多态性微卫星标记(PMM)技术与重复序列聚合酶链反应(PCR)在近平滑念珠菌基因分型中的应用。

方法

收集2012年3月至2013年11月间上海5家医院临床分离的近平滑念珠菌55株,经内转录间隔区序列分析(ITS)进一步鉴定菌种,共有狭义近平滑念珠菌43株,之后采用重复序列PCR和PMM技术进行基因分型,比较2种分型方法的结果和效率。

结果

43株狭义近平滑念珠菌经重复序列PCR分型只有1种基因型;经PMM技术分型有22种基因型,以Ⅰ型(10株)、Ⅱ型(6株)为主,Ⅲ~Ⅶ型见于2或3株菌,其余15种基因型均只有1株菌。

结论

PMM技术用于狭义近平滑念珠菌的基因分型,分辨率高、重复性好,适用于狭义近平滑念珠菌基因组微进化的监测,而重复序列PCR不适用于狭义近平滑念珠菌的基因分型。

关键词: 近平滑念珠菌, 基因分型, 多态性微卫星标记技术, 重复序列聚合酶链反应

Abstract: Objective

To evaluate the application of polymorphic microsatellite marker(PMM)technology and repetitive sequence-based polymerase chain reaction (PCR) for genotyping of Candida parapsilosis.

Methods

From March 2012 to November 2013, 55 Candida parapsilosis isolates were collected from 5 hospitals in Shanghai, which were further identified as Candida parapsilosis sensu stricto (43 isolates) by amplifying and sequencing with internal transcribed sequence(ITS). All the isolates were genotyped by repetitive sequence-based PCR and PMM technology. Finally, the results and efficacy of these 2 genotyping methods were compared.

Results

The 43 Candida parapsilosis sensu stricto isolates had only 1 genotype by repetitive sequence-based PCR. PMM technology generated 22 genotypes. The major genotypes were Type Ⅰ (10 isolates) and Type Ⅱ (6 isolates), whereas Type Ⅲ-Ⅶ were observed in 2 or 3 isolates. Another 15 genotypes were observed in only 1 isolate.

Conclusions

PMM technology is an effective genotyping method for Candida parapsilosis sensu stricto with high resolution and repeatability, which could be used to determine the micro-evolutionary variations. However, repetitive sequence-based PCR is not suitable for the genotyping of Candida parapsilosis sensu stricto.

Key words: Candida parapsilosis, Genotype, Polymorphic microsatellite marker technology, Repetitive sequence-based polymerase chain reaction

中图分类号:

R379.4

李贞, 董丹凤, 章黎华, 江岑, 彭奕冰. 多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较[J]. 检验医学, 2015, 30(10): 1017-1020.

LI Zhen, DONG Danfeng, ZHANG Lihua, JIANG Cen, PENG Yibing.. Comparison on genotyping of Candida parapsilosis by polymorphic microsatellite marker technology and repetitive sequence-based PCR[J]. Laboratory Medicine, 2015, 30(10): 1017-1020.

图/表 3

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PMM技术			重复序列PCR
分型编号		分型结果	菌株数(株)
Ⅰ	232/272	10	A
Ⅱ	289/289	6	A
Ⅲ	297/297	3	A
Ⅳ	264/264	2	A
Ⅴ	269/269	2	A
Ⅵ	267/285	3	A
Ⅶ	267/276	2	A

PMM技术			重复序列PCR
分型编号		分型结果	菌株数(株)
Ⅰ	232/272	10	A
Ⅱ	289/289	6	A
Ⅲ	297/297	3	A
Ⅳ	264/264	2	A
Ⅴ	269/269	2	A
Ⅵ	267/285	3	A
Ⅶ	267/276	2	A

菌株	PMM	重复序列PCR
CO1	169/187	B
CO2	169/187	B
CO3	169/187	B
CO4	169/187	B
CO5	169/187	B
CO6	169/187	B
CO7	169/187	B
CM1	240/240	C
CM2	232/272	D
CM3	-	E
CM4	-	C
CM5	-	D

菌株	PMM	重复序列PCR
CO1	169/187	B
CO2	169/187	B
CO3	169/187	B
CO4	169/187	B
CO5	169/187	B
CO6	169/187	B
CO7	169/187	B
CM1	240/240	C
CM2	232/272	D
CM3	-	E
CM4	-	C
CM5	-	D

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多态性微卫星标记技术与重复序列PCR在近平滑念珠菌基因分型中的比较

Comparison on genotyping of Candida parapsilosis by polymorphic microsatellite marker technology and repetitive sequence-based PCR

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