双重相对定量SD-qPCR在快速诊断性染色体变异中的应用

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2022.06.012

检验医学 ›› 2022, Vol. 37 ›› Issue (6): 557-560.DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2022.06.012

• 技术研究与评价·论著 • 上一篇下一篇

双重相对定量SD-qPCR在快速诊断性染色体变异中的应用

孙雷¹, 龙驹², 樊祖茜³, 吴素萍², 林桂先², 凌秀明²

1.西安交通大学医学部,陕西西安 710061
2.钦州市妇幼保健院基因与遗传实验室,广西钦州 535099
3.钦州市妇幼保健院检验科,广西钦州 535099

收稿日期:2020-11-16 修回日期:2022-03-07 出版日期:2022-06-30 发布日期:2022-07-28
作者简介:孙雷,男,1982年生,硕士,研究员,主要从事遗传病诊断相关研究。
基金资助:
国家自然科学基金项目(81660259);广西壮族自治区卫生健康委员会自筹经费科研课题(20221295)

sRapid determination of sex chromosome abnormality using double relative quantitative SD-qPCR

SUN Lei¹, LONG Ju², FAN Zuqian³, WU Suping², LIN Guixian², LING Xiuming²

1. Xi'an Jiaotong University Health Science Center,Xi'an 710061,Shaanxi,China
2. Laboratory of Medical Genetics,Qinzhou Maternal and Child Health Hospital,Qinzhou 535099,Guangxi,China
3. Department of Clinical Laboratory,Qinzhou Maternal and Child Health Hospital,Qinzhou 535099,Guangxi,China

Received:2020-11-16 Revised:2022-03-07 Online:2022-06-30 Published:2022-07-28

摘要/Abstract

摘要：

目的建立一种可进行双重相对定量的基于重复序列的荧光定量聚合酶链反应（SD-qPCR）方法,实现单管同时检测X和Y染色体数目。方法建立双重相对定量SD-qPCR检测体系,并将其用于197例羊水样本的检测。根据重复序列间的相对定量2^-ΔΔCt值来判断样本X和Y染色体的数目,将检测结果与染色体核型分析结果进行比较。结果筛选出了2对重复序列分子标记,分别定位于16号染色体、X染色体和1号染色体、Y染色体;197例羊水样本中,性染色体数目正常样本185例;45,X样本5例;47,XXX样本3例;47,XXY样本2例;47,XYY样本2例。双重相对定量SD-qPCR检测结果与染色体核型分析结果一致。结论建立的双重相对定量SD-qPCR方法可实现单管同时检测X和Y染色体的数目,具有检测位点多、检测结果稳定的特点,可在临床推广使用。

关键词: 产前诊断, 非整倍体, 实时荧光定量聚合酶链反应, 性染色体

Abstract:

Objective To establish a single tube fluorescent double relative segmental duplication-quantitative polymerase chain reaction（SD-qPCR） for determining the number of chromosome X and Y simultaneously. Methods The established SD-qPCR was used for the determination of 197 amniotic fluid samples. The numbers of chromosome X and Y were determined by the relative quantitative 2^-ΔΔCt value between segmental duplications. The results are compared with chromosome karyotype analysis. Results Two pairs of segmental duplication molecular markers were screened and located on chromosome 16 and chromosome X,chromosome 1 and chromosome Y,respectively. Among the 197 samples,there were 185 samples with normal sex chromosome,5 cases of 45,X,3 cases of 47,XXX,2 cases of 47,XXY and 2 cases of 47,XYY. The results of SD-qPCR were consistent with those of chromosome karyotype analysis. Conclusions The established SD-qPCR can determine the numbers of chromosome X and chromosome Y in a single tube simultaneously. It has the advantages of multiple loci and stability,and it can be widely used in clinic.

Key words: Prenatal diagnosis, Aneuploidy, Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction, Sex chromosome

中图分类号:

R446.1

孙雷, 龙驹, 樊祖茜, 吴素萍, 林桂先, 凌秀明. 双重相对定量SD-qPCR在快速诊断性染色体变异中的应用[J]. 检验医学, 2022, 37(6): 557-560.

SUN Lei, LONG Ju, FAN Zuqian, WU Suping, LIN Guixian, LING Xiuming. sRapid determination of sex chromosome abnormality using double relative quantitative SD-qPCR[J]. Laboratory Medicine, 2022, 37(6): 557-560.

图/表 3

图1 SD-qPCR引物设计原理及方法注：（a）重复序列16/X_16和16/X_X在16号染色体和X染色体上的位置;（b）重复序列16/X_16和16/X_X的引物和探针。

图2 SD-qPCR的浓度梯度扩增曲线和标准曲线注：（a）重复序列的浓度梯度扩增曲线;（b）重复序列的标准曲线;C1、C2、C3、C4和C5分别表示DNA浓度为160、32、6.4、1.28和0.256 ng/μL时的检测结果。

图3 不同染色体核型的双重相对定量SD-qPCR结果分布

参考文献 15

[1]	VISOOTSAK J, ROSNER B, DYKENS E, et al. Behavioral phenotype of sex chromosome aneuploidies:48,XXYY,48,XXXY,and 49,XXXXY[J]. Am J Med Genet A, 2007, 143A(11):1198-1203.
[2]	吴佩芳, 张卫华, 唐萍, 等. 嘉兴地区无创产前检测性染色体非整倍体病例的妊娠选择及妊娠结局分析[J]. 中国优生与遗传杂志, 2020, 28(7):820-822.
[3]	LINDEN M G, BENDER B G, ROBINSON A. Intrauterine diagnosis of sex chromosome aneuploidy[J]. Obstet Gynecol, 1996, 87(3):468-475.
[4]	QIAO J, YUAN J, HU W, et al. Combined diagnosis of QF-PCR and CNV-Seq in fetal chromosomal abnormalities:a new perspective on prenatal diagnosis[J]. J Clin Lab Anal, 2022, 36(4):e24311.
[5]	WHALEY R D, DOUGHERTY R E, CHENG L, et al. fluorescence in situ hybridization for the X and Y chromosome centromeres helps differentiate between gestational and nongestational choriocarcinoma in clinically ambiguous cases[J]. Arch Pathol Lab Med, 2020, 144(7):863-868.
[6]	DAI X, SHI F, CHEUNG C K Y, et al. Abnormal Y chromosome detection in infertile males using multiplex ligation-dependent probe amplification[J]. Andrologia, 2022, 54(2):e14316.
[7]	陈杏园, 罗世强, 王秋华, 等. 早孕期流产胚胎组织MLPA检测结果及与年龄和孕周的关系分析[J]. 分子诊断与治疗杂志, 2020, 12(10):1289-1293.
[8]	DUDAREWICZ L, HOLZGREVE W, JEZIOROWSKA A, et al. Molecular methods for rapid detection of aneuploidy[J]. J Appl Genet, 2005, 46(2):207-215.
[9]	HELMY S M, ISMAIL S, BASSIOUNI R, et al. Sensitivity of DCSR3/GAPDH ratio using quantitative real-time PCR in the rapid prenatal diagnosis for down syndrome[J]. Fetal Diagn Ther, 2009, 25(2):220-223.
[10]	SUN L, FAN Z, WENG X, et al. Rapid detection of Down's syndrome using quantitative real-time PCR(qPCR) targeting segmental duplications on chromosomes 21 and 11[J]. Gene, 2014, 552(2):272-276.
[11]	LIVAK K J, SCHMITTGEN T D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) method[J]. Methods, 2001, 25(4):402-408.
[12]	CHANDNA R, AUGUSTINE R, BISHT N C. Evaluation of candidate reference genes for gene expression normalization in Brassica juncea using real time quantitative RT-PCR[J]. PLoS One, 2012, 7(5):e36918.
[13]	史宏志, 达布西力特, 高宏凯, 等. 长链非编码RNA p2819在胃癌组织中的差异表达及其意义[J]. 肿瘤综合治疗电子杂志, 2021, 7(1):47-50.
[14]	KONG X, LI L, SUN L, et al. Rapid diagnosis of aneuploidy using segmental duplication quantitative fluorescent PCR[J]. PLoS One, 2014, 9(3):e88932.
[15]	ZIMMERMANN B, HOLZGREVE W, WENZEL F, et al. Novel real-time quantitative PCR test for trisomy 21[J]. Clin Chem, 2002, 48(2):362-363.

双重相对定量SD-qPCR在快速诊断性染色体变异中的应用

sRapid determination of sex chromosome abnormality using double relative quantitative SD-qPCR

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

图/表 3

参考文献 15

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

[1]	韩雪, 闻柳, 宛杨. 唐氏筛查临界或高风险孕妇羊水染色体核型和基因组拷贝数变异结果分析[J]. 检验医学, 2023, 38(6): 548-552.
[2]	张楚, 王建红, 李瑞, 肖艳华, 王恒, 张品肖, 徐凝馨, 夏半半. 5 696例孕妇拓展性无创产前基因检测结果[J]. 检验医学, 2023, 38(6): 553-558.
[3]	范瑾, 乔昀, 程斌. 育龄期滴虫性阴道炎患者阴道微生物群分布[J]. 检验医学, 2022, 37(12): 1187-1189.
[4]	赵旭亮, 田瑞霞, 施友文, 俞敏, 焦鎏鎏, 朱复希. 全外显子家系测序在WDR35基因复合杂合变异导致SRPS-5胎儿产前诊断中的价值[J]. 检验医学, 2022, 37(10): 928-933.
[5]	陈丽媛, 徐咏, 王辉, 徐晓昕, 谢建生. 胎儿游离DNA无创产前检测次要结果在筛查Klinefelter综合征中的价值[J]. 检验医学, 2021, 36(8): 785-789.
[6]	王博文, 曾晓华, 彭凯歌, 刘畅, 武莹超, 黄英眉, 马盼盼, 拉姆次仁, 李国凯, 杨莉. 不同灭活条件对常见呼吸道病原体核酸检测结果的影响[J]. 检验医学, 2021, 36(8): 805-808.
[7]	刘世芸, 檀平. 2018—2019年池州市流行性感冒病原学分析[J]. 检验医学, 2021, 36(7): 722-725.
[8]	靳春雷, 朱焕勉, 陈鹏龙, 雷强. MYO15A基因新发突变导致先天性耳聋1例报道[J]. 检验医学, 2021, 36(10): 1090-1093.
[9]	杜金龙, 冯燕, 李恒涛. 实时荧光定量PCR结合探针检测MP的临床价值及MP耐药情况分析[J]. 检验医学, 2020, 35(6): 535-539.
[10]	李瑞, 时盼来, 王爱玲, 王建红, 肖艳华, 孔祥东. SNP array在颈项透明层增厚胎儿产前诊断中的应用[J]. 检验医学, 2020, 35(2): 142-147.
[11]	申春梅, 冷蓓铮, 刘亚隽, 张慧, 周聪, 徐茂锁, 贺乐奇. 成人非典型社区获得性肺炎患者病原体感染情况分析[J]. 检验医学, 2020, 35(1): 29-32.
[12]	段飞云, 陈晓明, 陈冉. 2013—2017年大理州手足口病患儿病原学分析[J]. 检验医学, 2019, 34(7): 583-586.
[13]	董磊, 刘娟, 艾现印, 马红雨, 全首祯, 姜涛. 人腺病毒-B55实时荧光定量PCR扩增方法的建立[J]. 检验医学, 2019, 34(3): 259-262.
[14]	王崇义, 史训忠, 孙正林. 实时荧光定量PCR快速检测脑膜炎奈瑟菌的临床价值[J]. 检验医学, 2018, 33(4): 339-342.
[15]	马慧英, 刘淑敏, 彭措吉, 杨小萍. 荧光原位杂交技术及染色体核型分析在产前诊断中的应用[J]. 检验医学, 2017, 32(8): 730-732.