实时荧光PCR用于CYP2C19基因多态性检测的性能验证

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2017.09.012

检验医学 ›› 2017, Vol. 32 ›› Issue (9): 801-805.DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2017.09.012

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实时荧光PCR用于CYP2C19基因多态性检测的性能验证

陈丹, 徐婷, 张洁心, 赵鸿, 戎国栋, 潘世扬, 王芳, 黄珮珺

南京医科大学第一附属医院检验学部国家临床检验重点专科,江苏南京 210029

收稿日期:2016-05-17 出版日期:2017-09-30 发布日期:2017-09-30
作者简介:null
作者简介：陈丹,男,1981年生,博士,副研究员,主要从事分子生物学检验工作。
基金资助:
江苏省实验诊断学重点实验室基金项目（XK201114）

Performance of real-time fluorescence PCR for the determination of CYP2C19 polymorphisms

CHEN Dan, XU Ting, ZHANG Jiexin, ZHAO Hong, RONG Guodong, PAN Shiyang, WANG Fang, HUANG Peijun

Department of Clinical Laboratory,the First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University/the National Key Clinical Department of Laboratory Medicine,Nanjing 210029,Jiangsu,China

Received:2016-05-17 Online:2017-09-30 Published:2017-09-30

摘要/Abstract

摘要：

目的评价实时荧光聚合酶链反应（PCR）检测细胞色素P450家族成员2C19（CYP2C19）基因多态性的精密度、准确度和检测限。方法采用实时荧光PCR对基因型为*1/*1、*1/*2、*1/*3和*1/*17的DNA样本分别作批内重复扩增10次,以评价方法的精密度;比较实时荧光PCR与Sanger测序法的检测结果,以评价方法的准确性;对2倍梯度稀释的DNA样本（基因型为*1/*1、*1/*2、*1/*3和*1/*17）进行实时荧光PCR扩增,以评价方法的最低检测限。结果批内重复10次的分型检测结果完全一致,所有PCR的Ct值变异系数（CV）均<2.5%;实时荧光PCR的分型结果与Sanger测序法结果的符合率为100%（20/20）,其中*1/*17型1例、*1/*1型3例、*1/*2型5例、*1/*3型5例、*2/*2型4例、*2/*3型2例;实时荧光PCR的最低检测限为1.875 ng/μL DNA。结论实时荧光PCR的基因分型结果稳定、可靠,适用于医学实验室CYP2C19基因多态性的检测。

关键词: 细胞色素P450家族成员2C19, 基因多态性, 药物代谢酶, 实时荧光聚合酶链反应, 性能验证

Abstract:

Objective To evaluate the precision,accuracy and limit of detection of real-time fluorescence polymerase chain reaction（PCR） for cytochrome P450 2C19（CYP2C19） polymorphisms.Methods DNA samples with different CYP2C19 genotypes（*1/*1,*1/*2,*1/*3 and *1/*17） were determined for 10 times in 1 run for evaluating precision. The results of real-time fluorescence PCR and Sanger sequencing were used and compared for evaluating accuracy. The DNA samples with different genotypes（*1/*1,*1/*2,*1/*3 and *1/*17） were diluted in a 2-fold serial pattern and determined by real-time fluorescence PCR for evaluating limit of detection.Results Real-time fluorescence PCR showed low coefficient of variation（CV） of Ct values（<2.5%）,a low limit of detection of 1.875 ng/μL and accuracy of 100%（20/20） compared to the results of Sanger sequencing,including 6 kinds of CYP2C19 genotypes in 20 cases（1 case of *1/*17,3 cases of *1/*1,5 cases of *1/*2,5 cases of *1/*3,4 cases of *2/*2 and 2 cases of *2/*3）.Conclusions Real-time fluorescence PCR is precise,accurate and suitable for CYP2C19 polymorphisms.

Key words: Cytochrome P450 2C19, Gene polymorphism, Drug-metabolizing enzyme, Real-time fluorescence polymerase chain reaction, Proficiency testing

中图分类号:

R446.1

陈丹, 徐婷, 张洁心, 赵鸿, 戎国栋, 潘世扬, 王芳, 黄珮珺. 实时荧光PCR用于CYP2C19基因多态性检测的性能验证[J]. 检验医学, 2017, 32(9): 801-805.

CHEN Dan, XU Ting, ZHANG Jiexin, ZHAO Hong, RONG Guodong, PAN Shiyang, WANG Fang, HUANG Peijun. Performance of real-time fluorescence PCR for the determination of CYP2C19 polymorphisms[J]. Laboratory Medicine, 2017, 32(9): 801-805.

图/表 3

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序号	实时荧光PCR扩增情况						基因型	代谢表型
	c681 G>A		c636 G>A		c.-806 C>T
	FAM	VIC	FAM	VIC	FAM	VIC
1	+	-	+	-	+	+	1/17	超快
2	+	-	+	-	-	+	17/17	超快
3	+	-	+	-	+	-	1/1	快
4	+	+	+	-	+	-	1/2	中
5	+	-	+	+	+	-	1/3
6	+	+	+	-	+	+	2/17
7	-	+	+	-	+	-	2/2	慢
8	+	+	+	+	+	-	2/3
9	+	-	-	+	+	-	3/3

序号	实时荧光PCR扩增情况						基因型	代谢表型
	c681 G>A		c636 G>A		c.-806 C>T
	FAM	VIC	FAM	VIC	FAM	VIC
1	+	-	+	-	+	+	1/17	超快
2	+	-	+	-	-	+	17/17	超快
3	+	-	+	-	+	-	1/1	快
4	+	+	+	-	+	-	1/2	中
5	+	-	+	+	+	-	1/3
6	+	+	+	-	+	+	2/17
7	-	+	+	-	+	-	2/2	慢
8	+	+	+	+	+	-	2/3
9	+	-	-	+	+	-	3/3

样本基因型	实时荧光PCR Ct值的批内CV（%）
	*2			*3			*17
	野生	突变	内标	野生	突变	内标	野生	突变	内标
纯合野生型	0.75	---	0.48	1.14	---	0.67	0.50	---	0.55
杂合突变型	2.22	2.22	1.75	0.87	0.98	0.64	0.54	0.58	0.43

样本基因型	实时荧光PCR Ct值的批内CV（%）
	*2			*3			*17
	野生	突变	内标	野生	突变	内标	野生	突变	内标
纯合野生型	0.75	---	0.48	1.14	---	0.67	0.50	---	0.55
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实时荧光PCR用于CYP2C19基因多态性检测的性能验证

Performance of real-time fluorescence PCR for the determination of CYP2C19 polymorphisms

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