Analysis of key long noncoding RNA and microRNA in type Ⅰ and type Ⅱ endometrial carcinoma based on endogenous competitive network

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2021.05.016

Abstract

Abstract:

Objective To analyze the potential biomarkers involved in the classification,diagnosis and treatment of endometrial carcinoma（EC） based on endogenous competitive network. Methods The differentially expressed genes were summarized from the Cancer Genome Atlas（TCGA） database,and 32 genes were screened to construct endogenous competitive network. In order to further screen key genes,Gene Ontology（GO） and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG） enrichment analysis,correlation analysis,survival analysis and GEO datum set validation were carried out. Results There were 59 differentially expressed long noncoding RNA（lncRNA）,51 differentially expressed microRNA（miRNA）and 843 differentially expressed messenger RNA between type Ⅰ and type Ⅱ EC. On this basis,an endogenous competitive network was established,and further the key genes related to genotyping and prognosis were screened.LINC00667 and TMCC3 were negatively correlated,while miR-34c,miR-449a,miR-449b were positively correlated with the survival of EC patients in the TCGA database. Pearson correlation analysis showed that LINC00667 was positively correlated with TMCC3（P<0.001）. The high expression of LINC00667 in EC patients was related to the classification of EC,the International Federation of Gynecology and Obstetrics（FIGO） stage and differentiation（P<0.05）,but there was no relation with age（P>0.05）. The high expression of TMCC3 was correlated with the classification of EC,age and differentiation（P<0.05）,but there was no relation with FIGO stage（P>0.05）. The high expression of miR-34c,miR-449a,miR-449b in EC patients was related to the classification of EC,FIGO stage and differentiation（P<0.05）,but there was no relation with age（P>0.05）. Conclusions LINC00667-miR-34c/miR-449a/miR-449b-TMCC3 are identified as key genes in the endogenous competitive network of type Ⅰ and type Ⅱ EC and have good prognostic value.

Key words: Long noncoding RNA, MicroRNA, Competitive endogenous RNA, Endometrial carcinoma, Classification

CLC Number:

R446.7

YUAN Shuang, WANG Lihua. Analysis of key long noncoding RNA and microRNA in type Ⅰ and type Ⅱ endometrial carcinoma based on endogenous competitive network[J]. Laboratory Medicine, 2021, 36(5): 535-543.

Figures/Tables 9

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RNA名称	基因名称	Log₂FC	r值
mRNA	NR6A1	1.64^***	0.01
	TMCC3	0.89^*	0.31
lncRNA	LINC00667	1.37^***	—
miRNA	miR-34a	0.46	—
	miR-34c	-1.84^*	—
	miR-449a	-2.48^*	—
	miR-449b	-1.92^**	—

RNA名称	基因名称	Log₂FC	r值
mRNA	NR6A1	1.64^***	0.01
	TMCC3	0.89^*	0.31
lncRNA	LINC00667	1.37^***	—
miRNA	miR-34a	0.46	—
	miR-34c	-1.84^*	—
	miR-449a	-2.48^*	—
	miR-449b	-1.92^**	—

临床病理特征	例数	LINC00667			TMCC3
临床病理特征	例数	低表达	高表达	P值	低表达	高表达	P值
病理分型				<0.000 1			<0.000 1
Ⅰ型	404	242（89.63）	162（60.00）		236（87.41）	168（62.22）
Ⅱ型	136	28（10.37）	108（40.00）		34（12.59）	102（37.78）
年龄				0.876 3			0.008 1
<50岁	45	23（8.52）	22（8.15）		31（11.48）	14（5.19）
≥50岁	495	247（91.48）	248（91.85）		239（88.52）	256（94.81）
分化程度				0.000 2			0.005 0
G1+G2	218	130（48.15）	88（32.59）		125（46.30）	93（34.44）
G3	322	140（51.85）	182（67.41）		145（53.70）	177（65.56）
FIGO分期				<0.000 1			0.069 6
Ⅰ+Ⅱ期	387	216（80.00）	171（63.33）		203（75.19）	184（68.15）
Ⅲ+Ⅳ期	153	54（20.00）	99（36.67）		67（24.81）	86（31.85）

临床病理特征	例数	LINC00667			TMCC3
临床病理特征	例数	低表达	高表达	P值	低表达	高表达	P值
病理分型				<0.000 1			<0.000 1
Ⅰ型	404	242（89.63）	162（60.00）		236（87.41）	168（62.22）
Ⅱ型	136	28（10.37）	108（40.00）		34（12.59）	102（37.78）
年龄				0.876 3			0.008 1
<50岁	45	23（8.52）	22（8.15）		31（11.48）	14（5.19）
≥50岁	495	247（91.48）	248（91.85）		239（88.52）	256（94.81）
分化程度				0.000 2			0.005 0
G1+G2	218	130（48.15）	88（32.59）		125（46.30）	93（34.44）
G3	322	140（51.85）	182（67.41）		145（53.70）	177（65.56）
FIGO分期				<0.000 1			0.069 6
Ⅰ+Ⅱ期	387	216（80.00）	171（63.33）		203（75.19）	184（68.15）
Ⅲ+Ⅳ期	153	54（20.00）	99（36.67）		67（24.81）	86（31.85）

临床病理特征	例数	miR-34c			miR-449a
临床病理特征	例数	低表达	高表达	P值	低表达	高表达	P值
病理分型				<0.000 1			<0.000 1
Ⅰ型	404	176（65.92）	228（85.07）		168（62.92）	236（88.06）
Ⅱ型	131	91（34.08）	40（14.93）		99（37.08）	32（11.94）
年龄				0.747 7			0.126 3
<50岁	46	24（8.99）	22（8.21）		18（6.74）	28（10.45）
≥50岁	489	243（91.01）	246（91.79）		249（93.26）	240（89.55）
临床病理特征	例数	miR-34c			miR-449a
临床病理特征	例数	低表达	高表达	P值	低表达	高表达	P值
分化程度				<0.000 1			<0.000 1
G1+G2	219	69（25.84）	150（55.97）		67（25.09）	152（56.72）
G3	316	198（74.16）	118（44.03）		200（74.91）	116（43.28）
FIGO分期				0.001 9			0.000 2
Ⅰ+Ⅱ期	385	176（65.92）	209（77.99）		173（64.79）	212（79.10）
Ⅲ+Ⅳ期	150	91（34.08）	59（22.01）		94（35.21）	56（20.90）