External quality assessment of irinotecan-related metabolism genotyping in Shanghai

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2021.08.020

Abstract

Abstract:

Objective To use human genome DNA as quality control samples to evaluate the performance of irinotecan-related metabolism genotyping in external quality assessment（EQA） program,and to discuss the problems found in clinical laboratories enrolled. Methods The samples of various combination of Urdine Diphosphate glucuronosyltransferase 1 family polypeptide A1 (UGT1A1)*6 and UGT1A1*28 genotyped by human genome DNA sequencing were obtained. Each sample panel contained 5 different samples of the genomic DNA above. Participating clinical laboratories were asked to test these samples using their routine methods and report the results before deadline. The score of each laboratory and the overall compliance rate of different samples as well as the sensitivity and specificity of different methods were calculated based on their results. Results The 88.00%（22/25） and 86.36%（19/22） of the clinical laboratories submitted correct results for all the samples in 2 EQA schemes. The overall compliance rates were 96.33%（236/245） and 96.74%（208/215）,respectively. All the clinical laboratories using digital fluorescence hybridization got full credits in 2 EQA schemes. The compliance rates for Sanger sequencing were 91.82%（101/110） and 93.00%（93/100）,respectively. Conclusions The overall accuracy rate of clinical laboratories enrolled is high,while the performance capability of some clinical laboratories needs to be improved,especially the whole process quality control of clinical laboratory developed Sanger sequencing.

Key words: Urdine Diphosphate glucuronosyltransferase 1 family polypeptide A1, Irinotecan, Genetic testing, Quality control, External quality assessment

CLC Number:

R446.1

ZHANG Pengyin, QUAN Jing, WANG Xueliang, XIAO Yanqun, BAO Yun. External quality assessment of irinotecan-related metabolism genotyping in Shanghai[J]. Laboratory Medicine, 2021, 36(8): 875-879.

Figures/Tables 5

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检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%	检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%
UGT1A1*6	1911A	GG（野生型）	90.91	UGT1A1*28	1911A	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1912A	AG（杂合突变型）	90.91		1912A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1913A	GG（野生型）	100.00		1913A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1914A	GG（野生型）	90.91		1914A	TA6/TA7（杂合突变型）	90.91
	1915A	AG（杂合突变型）	100.00		1915A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1911B	AG（杂合突变型）	100.00		1911B	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1912B	GG（野生型）	92.86		1912B	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1913B	GG（野生型）	92.86		1913B	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1914B	GG（野生型）	100.00		1914B	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1915B	AG（杂合突变型）	100.00		1915B	TA6/TA6（野生型）	100.00

检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%	检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%
UGT1A1*6	1911A	GG（野生型）	90.91	UGT1A1*28	1911A	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1912A	AG（杂合突变型）	90.91		1912A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1913A	GG（野生型）	100.00		1913A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1914A	GG（野生型）	90.91		1914A	TA6/TA7（杂合突变型）	90.91
	1915A	AG（杂合突变型）	100.00		1915A	TA6/TA6（野生型）	90.91
	1911B	AG（杂合突变型）	100.00		1911B	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1912B	GG（野生型）	92.86		1912B	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1913B	GG（野生型）	92.86		1913B	TA6/TA7（杂合突变型）	100.00
	1914B	GG（野生型）	100.00		1914B	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1915B	AG（杂合突变型）	100.00		1915B	TA6/TA6（野生型）	100.00

检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%	检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%
UGT1A1*6	1921	GG（野生型）	95.45	UGT1A1*28	1921	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1922	GG（野生型）	90.91		1922	TA6/TA7（杂合突变型）	95.24
	1923	AG（杂合突变型）	100.00		1923	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1924	AG（杂合突变型）	100.00		1924	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1925	GG（野生型）	90.91		1925	TA6/TA7（杂合突变型）	95.24

检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%	检测基因	质评物品	预测基因型	符合率/%
UGT1A1*6	1921	GG（野生型）	95.45	UGT1A1*28	1921	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1922	GG（野生型）	90.91		1922	TA6/TA7（杂合突变型）	95.24
	1923	AG（杂合突变型）	100.00		1923	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1924	AG（杂合突变型）	100.00		1924	TA6/TA6（野生型）	100.00
	1925	GG（野生型）	90.91		1925	TA6/TA7（杂合突变型）	95.24

EQA	参评实验室数	100分		80~90分		<80分		总体符合率/%
EQA	参评实验室数	实验室数	百分比/%	实验室数	百分比/%	实验室数	百分比/%	总体符合率/%
第1次	25	22	88.00	2	8.00	1	4.00	96.33
第2次	22	19	86.36	2	9.09	1	4.55	96.74