摘要：

目的 基于靶向二代测序（tNGS）技术分析上海市长宁地区秋冬季节呼吸道感染病原学分布特点，以提高呼吸道感染病原的快速诊断能力。方法 收集2023年10月—2024年2月上海交通大学医学院附属同仁医院1 388例呼吸道感染患者痰液（878例）、肺泡灌洗液（347例）、咽拭子（163例）标本，采用tNGS检测病原体及其耐药基因。结果 共检出5 321株病原微生物，其中细菌占39%、病毒占34%、真菌占24%、其他非典型病原体占3%。球菌中检出率最高的为咽峡炎链球菌（19.24%，267株），真菌中检出最多的为白念珠菌（707株，50.94%），这2种病原在痰液标本中的检出率高于肺泡灌洗液和咽拭子（P<0.001）。杆菌中检出率最高的为肺炎克雷伯菌（19.81%，275株），3种类型标本检出率差异无统计学意义（P=0.131）；检出49株分枝杆菌，其中结核分枝杆菌复合群17株、非结核分枝杆菌32株。铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和脑膜脓毒伊丽莎白金菌在痰液标本中的检出率高于肺泡灌洗液和咽拭子（P值分别为0.002，0.003，0.015）；其他非典型病原体中最常见为肺炎支原体（73株，5.26%），其在肺泡灌洗液标本中的检出率高于痰液和咽拭子（P<0.001）。在常见呼吸道病毒中，人冠状病毒的检出率最高（15.49%，215株），其次为甲型流感病毒（13.83%，192株）；人类疱疹病毒中，EB病毒检出最多（566株，40.78%），有76.86%（435/566）分离自痰液标本。有294例标本检出耐药基因，包括大环内酯类耐药基因突变58例，肺炎支原体的耐药率为79.45%（58/73）；甲氧西林耐药基因94例；碳青霉烯酶各类基因型共检出142例。结论 上海市长宁地区秋冬季呼吸道感染病原体分布存在多样性，以咽峡炎链球菌、肺炎克雷伯菌、白念珠菌、人冠状病毒、甲型流感病毒和EB病毒居多。tNGS技术有利于呼吸道感染早期快速诊断，及时合理地给予治疗。

关键词: 靶向二代测序, 呼吸道感染, 病原

中图分类号: 

• R372