检验医学 ›› 2021, Vol. 36 ›› Issue (9): 939-946.DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2021.09.012
刘宏钱, 宋朝晖, 梁巧米
收稿日期:
2020-05-29
出版日期:
2021-09-30
发布日期:
2021-09-24
作者简介:
刘宏钱,男,1986年生,学士,技师,主要从事临床血液学检验工作。
LIU Hongqian, SONG Chaohui, LIANG Qiaomi
Received:
2020-05-29
Online:
2021-09-30
Published:
2021-09-24
摘要:
目的 建立一种可同时检测27种呼吸道病原体的多重逆转录聚合酶链反应(RT-PCR) MassARRAY技术,并探讨其临床应用价值。方法 针对呼吸道病原体设计扩增引物和延伸引物,并构建病原体标准质粒;按梯度稀释标准质粒,用于考察多重RT-PCR MassARRAY方法的灵敏度、特异性和重复性。分别采用建立的多重RT-PCR MassARRAY方法和实时RT-PCR方法检测207份呼吸道感染患者鼻咽拭子样本,比较2种方法的检测性能。结果 建立的多重RT-PCR MassARRAY方法对29种病原体的最低检出限为1×101~1×103拷贝/μL,特异性高。207例鼻咽拭子样本中共检出57份阳性,阳性检出率为27.54%。细菌性病原体中检出率较高的是肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体和流感嗜血杆菌;病毒性病原体阳性检出率较高的为副流感病毒、人偏肺病毒和甲型流感病毒。2种方法检测结果总符合率为99.03%,具有高度的一致性(kappa=0.98)。结论 基于RT-PCR MassARRAY技术的27种呼吸道病原体检测方法具有较高的灵敏度和特异性,且操作简单,通量高,可以为临床呼吸道病原体感染的诊断提供实验室依据。
中图分类号:
刘宏钱, 宋朝晖, 梁巧米. 多重RT-PCR MassARRAY技术检测27种呼吸道病原体方法的建立和临床应用评价[J]. 检验医学, 2021, 36(9): 939-946.
LIU Hongqian, SONG Chaohui, LIANG Qiaomi. Establishment and clinical application of multiple RT-PCR MassARRAY for the determinations of 27 respiratory pathogens[J]. Laboratory Medicine, 2021, 36(9): 939-946.
病原体 | 扩增引物(5'~3') | 延伸引物(5'~3') |
---|---|---|
卡他莫拉菌 | ACGTTGGATGTAGCAGGCGGTGTTGGTGTT ACGTTGGATGTTGTAGCTTGCTTCAACGCC | TCAACGCCCACATTT |
人鼻病毒 | ACGTTGGATGAACAGTGGTCCAGCCTGCGT ACGTTGGATGAACACGGACACCCAAAGTAG | CTTTGAGTCCTCCGGC |
肺炎支原体 | ACGTTGGATGCCCGAACAAAATAATGATTCC ACGTTGGATGGTTTGACAAAGTCCGTGAAG | AAAGCCACCCTGATCAC |
冠状病毒 | ACGTTGGATGGGGAGTAATGAACCCGGTAA ACGTTGGATGGAGCTAATAACACGGCTCTG | ACGGCTCTGTGTAAAGA |
甲型流感病毒 | ACGTTGGATGAAGACCAATCCTGTCACCTC ACGTTGGATGAAAGCGTCTACGCTGCAGTC | CACGCTGCAGTCCTCGCT |
病原体 | 扩增引物(5'~3') | 延伸引物(5'~3') |
肺炎衣原体 | ACGTTGGATGCGGAAGGGTTAGTAGTACAT ACGTTGGATGCGCATAAACTCTTCCTCAAC | TTCCTCAACCGAAAGGTC |
乙型流感病毒 | ACGTTGGATGACGGTGGATTAAACAAAAGC ACGTTGGATGGCAATAGCTCCGAAGAAACC | AAAGGCCATAGGGAATTG |
人偏肺病毒 | ACGTTGGATGAGCTTCAGTCAGTTCAACAG ACGTTGGATGCCTGCAGATGTTGGCATGTA | ACGCGGCAGTTTTCAGACA |
百日咳杆菌 | ACGTTGGATGTGGGAGTTCTGGTAGGTGTG ACGTTGGATGATCAAGCACCGCTTTACCC | CTTCCCGCCCACAGACCAAT |
流感嗜血杆菌 | ACGTTGGATGTTGGCCCAGGTTGGTATATG ACGTTGGATGTTACGCACGGTGTAAGGATG | GATGCACTTCCACATTATAT |
H-5型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGTGACTATCCACAATACTCAG ACGTTGGATGGACCAGCTATCATGATTGCC | GATAAACAGTGGCGAGTTCC |
A群链球菌 | ACGTTGGATGAGCAACAAGTAGTACAGCAG ACGTTGGATGTTAGCTACTAGTGTAGCTG | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGA |
肺炎链球菌 | ACGTTGGATGTCGTGCGTTTTAATTCCAGC ACGTTGGATGACGCAATCTAGCAGATGAAG | GTATCAGATGAAGCAGGTTTG |
副流感病毒4型 | ACGTTGGATGGATCCACAGCAAAGATTCAC ACGTTGGATGCCTGCAAGGAAAGCAGAGAT | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAA |
H1N1型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGGTTAACATCAGCAACACCAAC ACGTTGGATGAGAGAGAGGAATTGCCCGC | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGT |
B群链球菌 | ACGTTGGATGGAAACATTGATTGCCCAGC ACGTTGGATGAGGAAGATTTATCGCACCTG | CCAGGCCCCCCACGATACTCATG |
副流感病毒3型 | ACGTTGGATGACTCTATCCACTCTCAGACC ACGTTGGATGATGGGATCTCTGAGGATAC | GATCTCTGAGGATACAGATGAAT |
副流感病毒2型 | ACGTTGGATGCTGCAGCTATGAGTAATCAC ACGTTGGATGGATCGAGCATCTGGAATAAC | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTAT |
腺病毒 | ACGTTGGATGGACGCCTCGGAGTACCTGA ACGTTGGATGAGCCACCGTGGGGTTTCTAA | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCAC |
呼吸道合胞病毒 | ACGTTGGATGCACAGAAGATGCTAATCAT ACGTTGGATGGGTGTCTTCTCTTCCTAATC | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATA |
H-3型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGCAGTACAGGGAATCTAATTG ACGTTGGATGGCATTCAGAATTGCATTTG | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCAC |
嗜肺军团菌 | ACGTTGGATGTGGTGACTGCAGCTGTTATG ACGTTGGATGTCCGGATTAACATCTATGCC | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATC |
副流感病毒1型 | ACGTTGGATGATTACCTGGACCAAGTCTAC ACGTTGGATGCACATCCTTGAGTGATTAAG | GGGACGAATACGCATATATTGCATCA |
肠道病毒 | ACGTTGGATGCTGAATGCGGCTAATCCCAA ACGTTGGATGGATTGTCACCATAAGCAGCC | AAAGGAAACACGGACA |
H-7型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGCAGCATACAATTGATCTGGC ACGTTGGATGCCATCTTCTTCAGCATTCTC | ATGGACAAACTGTACGA |
H3N2季节性流感病毒 | ACGTTGGATGACCACCCGGGTACGGACAA ACGTTGGATGGGCTTCTTTTGGTAGATACTG | AATCTTCCTGTATGCTCA |
博卡病毒 | ACGTTGGATGAAATCTCTTCTGGCTACACG ACGTTGGATGCCTCTGCGATCTCTATATTG | CTCTATATTGAAGGATCTGCAT |
表1 27种病原体对应引物序列
病原体 | 扩增引物(5'~3') | 延伸引物(5'~3') |
---|---|---|
卡他莫拉菌 | ACGTTGGATGTAGCAGGCGGTGTTGGTGTT ACGTTGGATGTTGTAGCTTGCTTCAACGCC | TCAACGCCCACATTT |
人鼻病毒 | ACGTTGGATGAACAGTGGTCCAGCCTGCGT ACGTTGGATGAACACGGACACCCAAAGTAG | CTTTGAGTCCTCCGGC |
肺炎支原体 | ACGTTGGATGCCCGAACAAAATAATGATTCC ACGTTGGATGGTTTGACAAAGTCCGTGAAG | AAAGCCACCCTGATCAC |
冠状病毒 | ACGTTGGATGGGGAGTAATGAACCCGGTAA ACGTTGGATGGAGCTAATAACACGGCTCTG | ACGGCTCTGTGTAAAGA |
甲型流感病毒 | ACGTTGGATGAAGACCAATCCTGTCACCTC ACGTTGGATGAAAGCGTCTACGCTGCAGTC | CACGCTGCAGTCCTCGCT |
病原体 | 扩增引物(5'~3') | 延伸引物(5'~3') |
肺炎衣原体 | ACGTTGGATGCGGAAGGGTTAGTAGTACAT ACGTTGGATGCGCATAAACTCTTCCTCAAC | TTCCTCAACCGAAAGGTC |
乙型流感病毒 | ACGTTGGATGACGGTGGATTAAACAAAAGC ACGTTGGATGGCAATAGCTCCGAAGAAACC | AAAGGCCATAGGGAATTG |
人偏肺病毒 | ACGTTGGATGAGCTTCAGTCAGTTCAACAG ACGTTGGATGCCTGCAGATGTTGGCATGTA | ACGCGGCAGTTTTCAGACA |
百日咳杆菌 | ACGTTGGATGTGGGAGTTCTGGTAGGTGTG ACGTTGGATGATCAAGCACCGCTTTACCC | CTTCCCGCCCACAGACCAAT |
流感嗜血杆菌 | ACGTTGGATGTTGGCCCAGGTTGGTATATG ACGTTGGATGTTACGCACGGTGTAAGGATG | GATGCACTTCCACATTATAT |
H-5型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGTGACTATCCACAATACTCAG ACGTTGGATGGACCAGCTATCATGATTGCC | GATAAACAGTGGCGAGTTCC |
A群链球菌 | ACGTTGGATGAGCAACAAGTAGTACAGCAG ACGTTGGATGTTAGCTACTAGTGTAGCTG | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGA |
肺炎链球菌 | ACGTTGGATGTCGTGCGTTTTAATTCCAGC ACGTTGGATGACGCAATCTAGCAGATGAAG | GTATCAGATGAAGCAGGTTTG |
副流感病毒4型 | ACGTTGGATGGATCCACAGCAAAGATTCAC ACGTTGGATGCCTGCAAGGAAAGCAGAGAT | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAA |
H1N1型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGGTTAACATCAGCAACACCAAC ACGTTGGATGAGAGAGAGGAATTGCCCGC | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGT |
B群链球菌 | ACGTTGGATGGAAACATTGATTGCCCAGC ACGTTGGATGAGGAAGATTTATCGCACCTG | CCAGGCCCCCCACGATACTCATG |
副流感病毒3型 | ACGTTGGATGACTCTATCCACTCTCAGACC ACGTTGGATGATGGGATCTCTGAGGATAC | GATCTCTGAGGATACAGATGAAT |
副流感病毒2型 | ACGTTGGATGCTGCAGCTATGAGTAATCAC ACGTTGGATGGATCGAGCATCTGGAATAAC | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTAT |
腺病毒 | ACGTTGGATGGACGCCTCGGAGTACCTGA ACGTTGGATGAGCCACCGTGGGGTTTCTAA | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCAC |
呼吸道合胞病毒 | ACGTTGGATGCACAGAAGATGCTAATCAT ACGTTGGATGGGTGTCTTCTCTTCCTAATC | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATA |
H-3型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGCAGTACAGGGAATCTAATTG ACGTTGGATGGCATTCAGAATTGCATTTG | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCAC |
嗜肺军团菌 | ACGTTGGATGTGGTGACTGCAGCTGTTATG ACGTTGGATGTCCGGATTAACATCTATGCC | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATC |
副流感病毒1型 | ACGTTGGATGATTACCTGGACCAAGTCTAC ACGTTGGATGCACATCCTTGAGTGATTAAG | GGGACGAATACGCATATATTGCATCA |
肠道病毒 | ACGTTGGATGCTGAATGCGGCTAATCCCAA ACGTTGGATGGATTGTCACCATAAGCAGCC | AAAGGAAACACGGACA |
H-7型甲型流感病毒 | ACGTTGGATGCAGCATACAATTGATCTGGC ACGTTGGATGCCATCTTCTTCAGCATTCTC | ATGGACAAACTGTACGA |
H3N2季节性流感病毒 | ACGTTGGATGACCACCCGGGTACGGACAA ACGTTGGATGGGCTTCTTTTGGTAGATACTG | AATCTTCCTGTATGCTCA |
博卡病毒 | ACGTTGGATGAAATCTCTTCTGGCTACACG ACGTTGGATGCCTCTGCGATCTCTATATTG | CTCTATATTGAAGGATCTGCAT |
病原体 | 延伸引物 | 延伸产物 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
引物序列(5'~3') | 相对分子质量 | 延伸碱基 | 产物序列(5'~3') | 相对分子质量 | ||
卡他莫拉菌 | TCAACGCCCACATTT | 4 471.9 | G | TCAACGCCCACATTTG | 4 759.1 | |
人鼻病毒 | CTTTGAGTCCTCCGGC | 4 824.1 | C | CTTTGAGTCCTCCGGCC | 5 071.3 | |
肺炎支原体 | AAAGCCACCCTGATCAC | 5 108.4 | C | AAAGCCACCCTGATCACC | 5 355.5 | |
冠状病毒 | ACGGCTCTGTGTAAAGA | 5 234.4 | T | ACGGCTCTGTGTAAAGAT | 5 561.5 | |
甲型流感病毒 | CACGCTGCAGTCCTCGCT | 5 411.5 | C | CACGCTGCAGTCCTCGCTC | 5 658.7 | |
肺炎衣原体 | TTCCTCAACCGAAAGGTC | 5 443.6 | C | TTCCTCAACCGAAAGGTCC | 5 690.7 | |
乙型流感病毒 | AAAGGCCATAGGGAATTG | 5 596.7 | C | AAAGGCCATAGGGAATTGC | 5 843.9 | |
人偏肺病毒 | ACGCGGCAGTTTTCAGACA | 5 812.8 | A | ACGCGGCAGTTTTCAGACAA | 6 084.0 | |
百日咳杆菌 | CTTCCCGCCCACAGACCAAT | 5 966.9 | G | CTTCCCGCCCACAGACCAATG | 6 254.1 | |
流感嗜血杆菌 | GATGCACTTCCACATTATAT | 6 051.0 | T | GATGCACTTCCACATTATATT | 6 378.1 | |
H-5型甲型 流感病毒 | GATAAACAGTGGCGAGTTCC | 6 166.0 | C | GATAAACAGTGGCGAGTTCCC | 6 413.2 | |
A群链球菌 | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGA | 6 336.1 | G | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGAG | 6 623.3 | |
肺炎链球菌 | GTATCAGATGAAGCAGGTTTG | 6 525.3 | C | GTATCAGATGAAGCAGGTTTGC | 6 772.4 | |
副流感病毒4型 | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAA | 6 725.4 | T | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAAT | 7 052.5 | |
H1N1型甲型 流感病毒 | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGT | 6 732.4 | G | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGTG | 7 019.6 | |
B群链球菌 | CCAGGCCCCCCACGATACTCATG | 6 914.5 | C | CCAGGCCCCCCACGATACTCATGC | 7 161.7 | |
副流感病毒3型 | GATCTCTGAGGATACAGATGAAT | 7 111.7 | G | GATCTCTGAGGATACAGATGAATG | 7 398.9 | |
副流感病毒2型 | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTAT | 7 194.7 | G | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTATG | 7 481.9 | |
腺病毒 | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCAC | 7 314.7 | G | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCACG | 7 602.0 | |
呼吸道合胞病毒 | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATA | 7 525.9 | G | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATAG | 7 813.1 | |
H-3型甲型 流感病毒 | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCAC | 7 683.0 | C | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCACC | 7 930.2 | |
嗜肺军团菌 | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATC | 7 854.1 | C | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATCG | 8 141.3 | |
副流感病毒1型 | GGGACGAATACGCATATATTGCATCA | 8 003.2 | G | GGGACGAATACGCATATATTGCATCAC | 8 250.4 | |
肠道病毒 | AAAGGAAACACGGACA | 4 941.3 | G | AAAGGAAACACGGACAC | 5 188.4 | |
H-7型甲型 流感病毒 | ATGGACAAACTGTACGA | 5 227.4 | A | ATGGACAAACTGTACGAA | 5 498.6 | |
H3N2季节性 流感病毒 | AATCTTCCTGTATGCTCA | 5 424.5 | A | AATCTTCCTGTATGCTCAA | 5 695.8 | |
博卡病毒 | CTCTATATTGAAGGATCTGCAT | 6 724.4 | C | CTCTATATTGAAGGATCTGCATG | 7 011.6 |
表2 延伸引物、延伸产物序列和相对分子质量
病原体 | 延伸引物 | 延伸产物 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
引物序列(5'~3') | 相对分子质量 | 延伸碱基 | 产物序列(5'~3') | 相对分子质量 | ||
卡他莫拉菌 | TCAACGCCCACATTT | 4 471.9 | G | TCAACGCCCACATTTG | 4 759.1 | |
人鼻病毒 | CTTTGAGTCCTCCGGC | 4 824.1 | C | CTTTGAGTCCTCCGGCC | 5 071.3 | |
肺炎支原体 | AAAGCCACCCTGATCAC | 5 108.4 | C | AAAGCCACCCTGATCACC | 5 355.5 | |
冠状病毒 | ACGGCTCTGTGTAAAGA | 5 234.4 | T | ACGGCTCTGTGTAAAGAT | 5 561.5 | |
甲型流感病毒 | CACGCTGCAGTCCTCGCT | 5 411.5 | C | CACGCTGCAGTCCTCGCTC | 5 658.7 | |
肺炎衣原体 | TTCCTCAACCGAAAGGTC | 5 443.6 | C | TTCCTCAACCGAAAGGTCC | 5 690.7 | |
乙型流感病毒 | AAAGGCCATAGGGAATTG | 5 596.7 | C | AAAGGCCATAGGGAATTGC | 5 843.9 | |
人偏肺病毒 | ACGCGGCAGTTTTCAGACA | 5 812.8 | A | ACGCGGCAGTTTTCAGACAA | 6 084.0 | |
百日咳杆菌 | CTTCCCGCCCACAGACCAAT | 5 966.9 | G | CTTCCCGCCCACAGACCAATG | 6 254.1 | |
流感嗜血杆菌 | GATGCACTTCCACATTATAT | 6 051.0 | T | GATGCACTTCCACATTATATT | 6 378.1 | |
H-5型甲型 流感病毒 | GATAAACAGTGGCGAGTTCC | 6 166.0 | C | GATAAACAGTGGCGAGTTCCC | 6 413.2 | |
A群链球菌 | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGA | 6 336.1 | G | CCCCCTCCAGGAGCAACTTGAG | 6 623.3 | |
肺炎链球菌 | GTATCAGATGAAGCAGGTTTG | 6 525.3 | C | GTATCAGATGAAGCAGGTTTGC | 6 772.4 | |
副流感病毒4型 | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAA | 6 725.4 | T | GGTAGTAATGCCCCTTGCTTAAT | 7 052.5 | |
H1N1型甲型 流感病毒 | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGT | 6 732.4 | G | CTGTACAGTCAGTGGTTTCCGTG | 7 019.6 | |
B群链球菌 | CCAGGCCCCCCACGATACTCATG | 6 914.5 | C | CCAGGCCCCCCACGATACTCATGC | 7 161.7 | |
副流感病毒3型 | GATCTCTGAGGATACAGATGAAT | 7 111.7 | G | GATCTCTGAGGATACAGATGAATG | 7 398.9 | |
副流感病毒2型 | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTAT | 7 194.7 | G | CCCTGTTATTTCTACTCTATCTATG | 7 481.9 | |
腺病毒 | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCAC | 7 314.7 | G | CCCCCAAGTACGTGTCGGTGGCACG | 7 602.0 | |
呼吸道合胞病毒 | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATA | 7 525.9 | G | CTATTCTCTTCCTAATCTAGACATAG | 7 813.1 | |
H-3型甲型 流感病毒 | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCAC | 7 683.0 | C | CGCTAAATAATGAGATCAGATGCACC | 7 930.2 | |
嗜肺军团菌 | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATC | 7 854.1 | C | GTATTTTTAAAATTCTTCCCCAAATCG | 8 141.3 | |
副流感病毒1型 | GGGACGAATACGCATATATTGCATCA | 8 003.2 | G | GGGACGAATACGCATATATTGCATCAC | 8 250.4 | |
肠道病毒 | AAAGGAAACACGGACA | 4 941.3 | G | AAAGGAAACACGGACAC | 5 188.4 | |
H-7型甲型 流感病毒 | ATGGACAAACTGTACGA | 5 227.4 | A | ATGGACAAACTGTACGAA | 5 498.6 | |
H3N2季节性 流感病毒 | AATCTTCCTGTATGCTCA | 5 424.5 | A | AATCTTCCTGTATGCTCAA | 5 695.8 | |
博卡病毒 | CTCTATATTGAAGGATCTGCAT | 6 724.4 | C | CTCTATATTGAAGGATCTGCATG | 7 011.6 |
病原体 | 前向引物(5'~3') | 反向引物(5'~3') | 探针(5'~3') | 荧光标记 | 目标基因及参考文献 |
---|---|---|---|---|---|
肠道病毒 | CCCTGAATGCGGCTAAT | ATTGTCACCA- TAAGCAGCC | ACCCAAAGTA- GTCGGTTCCG | ROX/BHQ2 | 5'-UTR[ |
博卡病毒 | TGCAAATCTCTT- CTGGCTACACG | CTCCTCTGCGATCT- CTATATTGAAGG | ATGTTGCCGCCA- GTAACTCCACC | HEX/BHQ1 | NS1[ |
冠状病毒 | CAAGTTTTGAGTGAA- ATTGTTATGTGTGG | GAATTAGCAAAAG- CAGTAGTTGCATC | TATTATGTTAA- GCCTGGTGG | ROX/MGB | ORF1b[ |
卡他莫拉菌 | GTGAGTGCCG- CTTTTACAAC | TGTATCACCT- GCCAAGACAA | TGCTTTTGCAGCTG- TTAGCCAGCCTAA | FAM/TAMRA | CopB[ |
人鼻病毒 | CYAGCCTGCGTGGC | GAAACACGGA- CACCCAAAGTA | TCCTCCGGCCCC- TGAATGYGGC | HEX/BHQ1 | 5'-UTR[ |
流感嗜血杆菌 | TTGACATCCTAAGA- AGAGCTCAGAGA | CTTCCCTCTGTATA- CGCCATTGTAGC | ATGGCTGTCGTC- AGCTCGTGTT | FAM/TAMRA | 16S RNA[ |
H3N2季节性流感病毒 | GGGGGTTCACCAC- CCGGGTACRGAC | GGCTTCTTTTGG- TRGATACTGTGA | TTGAGCATACAGG- AAGATTTGGTCC | CY5/BHQ2 | HA[ |
表3 7种病原体引物及探针序列
病原体 | 前向引物(5'~3') | 反向引物(5'~3') | 探针(5'~3') | 荧光标记 | 目标基因及参考文献 |
---|---|---|---|---|---|
肠道病毒 | CCCTGAATGCGGCTAAT | ATTGTCACCA- TAAGCAGCC | ACCCAAAGTA- GTCGGTTCCG | ROX/BHQ2 | 5'-UTR[ |
博卡病毒 | TGCAAATCTCTT- CTGGCTACACG | CTCCTCTGCGATCT- CTATATTGAAGG | ATGTTGCCGCCA- GTAACTCCACC | HEX/BHQ1 | NS1[ |
冠状病毒 | CAAGTTTTGAGTGAA- ATTGTTATGTGTGG | GAATTAGCAAAAG- CAGTAGTTGCATC | TATTATGTTAA- GCCTGGTGG | ROX/MGB | ORF1b[ |
卡他莫拉菌 | GTGAGTGCCG- CTTTTACAAC | TGTATCACCT- GCCAAGACAA | TGCTTTTGCAGCTG- TTAGCCAGCCTAA | FAM/TAMRA | CopB[ |
人鼻病毒 | CYAGCCTGCGTGGC | GAAACACGGA- CACCCAAAGTA | TCCTCCGGCCCC- TGAATGYGGC | HEX/BHQ1 | 5'-UTR[ |
流感嗜血杆菌 | TTGACATCCTAAGA- AGAGCTCAGAGA | CTTCCCTCTGTATA- CGCCATTGTAGC | ATGGCTGTCGTC- AGCTCGTGTT | FAM/TAMRA | 16S RNA[ |
H3N2季节性流感病毒 | GGGGGTTCACCAC- CCGGGTACRGAC | GGCTTCTTTTGG- TRGATACTGTGA | TTGAGCATACAGG- AAGATTTGGTCC | CY5/BHQ2 | HA[ |
图1 肺炎支原体灵敏度检测质谱图 注:(a)为阴性对照;(b)~(e)分别为肺炎支原体标准质粒1×101、1×102、1×103、1×104 拷贝/μL;图片左侧箭头所指为延伸引物峰位置,右侧箭头所指为延伸产物峰位置;可见阴性对照和质粒浓度为1×101 拷贝/μL时,只有延伸引物峰;在质粒浓度为1×102、1×103、1×104 拷贝/μL时,可见延伸引物峰,延伸引物峰因消耗而变小或没有,由此可见肺炎支原体的检出灵敏度为1×102 拷贝/μL。
病原体 | 单一感染(33例) | 双重感染(19例) | 多重感染(5例) | 合计 |
---|---|---|---|---|
腺病毒 | 0(0) | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) |
百日咳杆菌 | 3(1.45) | 3(1.45) | 1(0.48) | 7(3.38) |
甲型流感病毒 | 2(0.97) | 3(1.45) | 1(0.48) | 6(2.90) |
流感嗜血杆菌 | 4(1.93) | 5(2.41) | 2(0.97) | 11(5.31) |
冠状病毒 | 0(0) | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) |
人偏肺病毒 | 3(1.45) | 1(0.48) | 3(1.45) | 7(3.38) |
卡他莫拉菌 | 3(1.45) | 8(3.86) | 1(0.48) | 12(5.80) |
肺炎支原体 | 3(1.45) | 4(1.93) | 4(1.93) | 11(5.31) |
副流感病毒1型 | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) | 2(0.97) |
副流感病毒2型 | 0(0) | 1(0.48) | 2(0.97) | 3(1.45) |
副流感病毒3型 | 1(0.48) | 1(0.48) | 0(0) | 2(0.97) |
副流感病毒4型 | 2(0.97) | 0(0) | 1(0.48) | 3(1.45) |
呼吸道合包病毒 | 1(0.48) | 1(0.48) | 0(0) | 2(0.97) |
肺炎链球菌 | 9(4.35) | 9(4.35) | 2(0.97) | 20(9.66) |
A群链球菌 | 1(0.48) | 0(0) | 0(0) | 1(0.48) |
表4 各病原体检出情况 例(%)
病原体 | 单一感染(33例) | 双重感染(19例) | 多重感染(5例) | 合计 |
---|---|---|---|---|
腺病毒 | 0(0) | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) |
百日咳杆菌 | 3(1.45) | 3(1.45) | 1(0.48) | 7(3.38) |
甲型流感病毒 | 2(0.97) | 3(1.45) | 1(0.48) | 6(2.90) |
流感嗜血杆菌 | 4(1.93) | 5(2.41) | 2(0.97) | 11(5.31) |
冠状病毒 | 0(0) | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) |
人偏肺病毒 | 3(1.45) | 1(0.48) | 3(1.45) | 7(3.38) |
卡他莫拉菌 | 3(1.45) | 8(3.86) | 1(0.48) | 12(5.80) |
肺炎支原体 | 3(1.45) | 4(1.93) | 4(1.93) | 11(5.31) |
副流感病毒1型 | 1(0.48) | 0(0) | 1(0.48) | 2(0.97) |
副流感病毒2型 | 0(0) | 1(0.48) | 2(0.97) | 3(1.45) |
副流感病毒3型 | 1(0.48) | 1(0.48) | 0(0) | 2(0.97) |
副流感病毒4型 | 2(0.97) | 0(0) | 1(0.48) | 3(1.45) |
呼吸道合包病毒 | 1(0.48) | 1(0.48) | 0(0) | 2(0.97) |
肺炎链球菌 | 9(4.35) | 9(4.35) | 2(0.97) | 20(9.66) |
A群链球菌 | 1(0.48) | 0(0) | 0(0) | 1(0.48) |
RT-PCR MassARRAY法 | RT-PCR | 合计 | |
---|---|---|---|
阳性 | 阴性 | ||
阳性 | 55 | 2 | 57 |
阴性 | 0 | 150 | 150 |
合计 | 55 | 152 | 207 |
表5 RT-PCR MassARRAY法与RT-PCR检出结果比较
RT-PCR MassARRAY法 | RT-PCR | 合计 | |
---|---|---|---|
阳性 | 阴性 | ||
阳性 | 55 | 2 | 57 |
阴性 | 0 | 150 | 150 |
合计 | 55 | 152 | 207 |
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