15例疑似假肥大性肌营养不良患儿遗传学分析

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2023.02.002

摘要/Abstract

摘要：

目的分析进行性假肥大性肌营养不良（DMD）患儿的临床特点和基因变异情况，为临床诊断、治疗和遗传咨询提供参考。方法对2019年7月—2021年7月河南科技大学第一附属医院15例疑似假肥大性肌营养不良患儿的临床特征进行回顾性分析，并采用多重连接探针扩增技术（MLPA）和全外显子组测序（WES）分析患儿的基因变异特点。对变异位点进行生物信息学分析。结果 15例患儿中，有14例存在DMD基因变异，其中12例为外显子区域大片段缺失，2例为点突变[c.2168+1G>T和c.9917_9923del（p.Thr3306Serfs*22）]。检测到的DMD基因大片段缺失共涉及11个不同的区域，其中8个可引起抗肌萎缩蛋白可读框移码，2个可引起阅读框内整码缺失，1个缺失变异覆盖整个DMD基因。14例DMD基因变异患儿均有酶学异常增高、肌源性损伤等特征，被确诊为DMD。1例未检测到DMD基因变异的患儿存在LAMA2基因复合杂合变异[c.819+1G>A和c.1884G>A（p.Glu628Glu）]，被诊断为肢带型肌营养不良（LGMD）。结论临床需注意DMD、贝克肌营养不良（BMD）和LGMD的鉴别诊断，对合并肌酸激酶（CK）等酶学改变和肌源性损伤的进行性肌营养不良患儿，建议优先考虑采用MLPA检测DMD基因外显子拷贝数；对于MLPA检测结果阴性的患儿，采用高通量测序进一步分析其遗传学病因。

关键词: 进行性假肥大性肌营养不良, 多重连接探针扩增技术, 全外显子组测序, 基因诊断

Abstract:

Objective To analyze the clinical characteristics and gene variation of Duchenne muscular dystrophy （DMD），and to provide a reference for clinical diagnosis，treatment and genetic counseling. Methods The clinical characteristics of 15 children with suspected pseudohypertrophic muscular dystrophy in the First Affiliated Hospital of Henan University of Science and Technology from July 2019 to July 2021 were analyzed retrospectively，and the gene variation characteristics were analyzed by multiplex ligation-dependent probe amplification（MLPA） and whole-exome sequencing （WES）. The variation sites were analyzed by bioinformatics. Results Among the 15 patients，14 patients had variations in DMD gene，including 12 large exon deletions and 2 point mutations [c.2168+1G>T and c.9917_9923del（p.Thr3306Serfs*22）]. The identified large deletions were involved in 11 different regions of DMD gene，of which 8 caused frameshifts，2 caused in-frame deletions and 1 caused loss of whole protein expression. The 14 patients with DMD gene variations had the characteristics of abnormally increased enzymes and myogenic damage，and they were diagnosed as DMD. In addition，1 patient with negative result from DMD gene detection had compound heterozygous variation of LAMA2 gene [c.819+1G>A and c.1884G>A（p.Glu628Glu）]，and the subject was diagnosed with limb-girdle muscular dystrophy （LGMD）. Conclusions Clinical attention should be paid to the differential diagnosis of DMD，Becker muscular dystrophy and LGMD. For children with progressive muscular dystrophy combined with creatine kinase and other enzymatic change and myogenic damage，MLPA is recommended to detect the copy number of DMD gene. Next-generation sequencing should be used to further analyze the genetic etiology.

Key words: Duchenne muscular dystrophy, Multiplex ligation-dependent probe amplification, Whole-exome sequencing, Genetic diagnosis

中图分类号:

R446.1

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图/表 3

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病例编号	性别	年龄	CK/ （U/L）	ALT/（IU/L）	MYO/（μg/L）	Gower征	腓肠肌状态	行走能力	肌无力	肌电图检查
1	男	3岁	7 852	235	336	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
2	男	15岁	3 605	34	225	阳性	肥大	行走不稳	否	肌源性损伤
3	男	4岁	11 367	270	149	阳性	肥大	行走不稳	否	肌源性损伤
4	男	5岁10个月	6 411	360	512	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
5	女	3岁7个月	5 444	154	194	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
6	男	2岁3个月	14 216	503	334	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
7	男	7岁	4 433	382	479	阳性	肥大	行走不稳	是	肌源性损伤
8	女	2岁2个月	2 025	97	61	阳性	稍肥大	正常	是	肌源性损伤
9	女	1岁	2 594	111	271	阳性	稍肥大	扶走	否	肌源性损伤
10	男	4岁	5 523	156	733	阴性	正常	正常	否	肌源性损伤
11	男	5岁2个月	5 873	393	610	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
12	男	11岁	8 908	101	379	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
13	男	17岁	4 235	88	510	阳性	肥大	丧失	否	肌源性损伤
14	男	7岁7个月	5 763	115	267	阳性	肥大	行走不稳	是	肌源性损伤
15	男	3岁9个月	226	35	50	阴性	正常	丧失	是	肌源性损伤

病例编号	性别	年龄	CK/ （U/L）	ALT/（IU/L）	MYO/（μg/L）	Gower征	腓肠肌状态	行走能力	肌无力	肌电图检查
1	男	3岁	7 852	235	336	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
2	男	15岁	3 605	34	225	阳性	肥大	行走不稳	否	肌源性损伤
3	男	4岁	11 367	270	149	阳性	肥大	行走不稳	否	肌源性损伤
4	男	5岁10个月	6 411	360	512	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
5	女	3岁7个月	5 444	154	194	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
6	男	2岁3个月	14 216	503	334	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
7	男	7岁	4 433	382	479	阳性	肥大	行走不稳	是	肌源性损伤
8	女	2岁2个月	2 025	97	61	阳性	稍肥大	正常	是	肌源性损伤
9	女	1岁	2 594	111	271	阳性	稍肥大	扶走	否	肌源性损伤
10	男	4岁	5 523	156	733	阴性	正常	正常	否	肌源性损伤
11	男	5岁2个月	5 873	393	610	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
12	男	11岁	8 908	101	379	阳性	肥大	正常	否	肌源性损伤
13	男	17岁	4 235	88	510	阳性	肥大	丧失	否	肌源性损伤
14	男	7岁7个月	5 763	115	267	阳性	肥大	行走不稳	是	肌源性损伤
15	男	3岁9个月	226	35	50	阴性	正常	丧失	是	肌源性损伤

病例编号	致病基因	变异（DNA）	氨基酸改变^①	检测方法	变异性质	家系成员检测
1	DMD （NM_004006.3）	Exon 22 del	p.Ile935Serfs*30	MLPA	半合子	母亲杂合携带，弟弟半合子（DMD患者）
2	DMD	Exons 39-43 del	p.Asn1817Alafs*3	MLPA	半合子	未接受检测
3	DMD	c.2168+1G>T		WES	半合子	未接受检测
4	DMD	Exons 1-79 del		MLPA	半合子	未接受检测
5	DMD	Exons 50-52 del	p.Arg2401Leufs*22	MLPA	杂合子	父母均为野生型
6	DMD	Exons 22-23 del	p.Ile935Lysfs*12	MLPA	半合子	母亲杂合携带
7	DMD	Exons 49-52 del	p.Glu2367Leufs*22	MLPA	半合子	未接受检测
8	DMD	Exons 45-53 del	p.Glu2366_Gln2624del	MLPA	杂合子	未接受检测
9	DMD	c.9917_9923del	p.Thr3306Serfs*22	WES	杂合子	父母均为野生型
10	DMD	Exons 45-48 del	p.Glu2146_Glu2366del	MLPA	半合子	母亲杂合携带
11	DMD	Exons 45-53 del	p.Glu2366_Gln2624del	MLPA	半合子	未接受检测
12	DMD	Exons 3-7 del	p.Phe32Metfs*13	MLPA	半合子	未接受检测
13	DMD	Exons 52-53 del	p.Ala2514_Gln2624del	MLPA	半合子	未接受检测
14	DMD	Exons 33-45 del	p.Asn1507Alafs*17	MLPA	半合子	未接受检测
15	LAMA2 （NM_000426.4）	c.819+1G>A		WES	杂合子	父亲杂合携带
	LAMA2 （NM_000426.4）	c.1884G>A	p.Glu628Glu	WES	杂合子	母亲杂合携带

病例编号	致病基因	变异（DNA）	氨基酸改变^①	检测方法	变异性质	家系成员检测
1	DMD （NM_004006.3）	Exon 22 del	p.Ile935Serfs*30	MLPA	半合子	母亲杂合携带，弟弟半合子（DMD患者）
2	DMD	Exons 39-43 del	p.Asn1817Alafs*3	MLPA	半合子	未接受检测
3	DMD	c.2168+1G>T		WES	半合子	未接受检测
4	DMD	Exons 1-79 del		MLPA	半合子	未接受检测
5	DMD	Exons 50-52 del	p.Arg2401Leufs*22	MLPA	杂合子	父母均为野生型
6	DMD	Exons 22-23 del	p.Ile935Lysfs*12	MLPA	半合子	母亲杂合携带
7	DMD	Exons 49-52 del	p.Glu2367Leufs*22	MLPA	半合子	未接受检测
8	DMD	Exons 45-53 del	p.Glu2366_Gln2624del	MLPA	杂合子	未接受检测
9	DMD	c.9917_9923del	p.Thr3306Serfs*22	WES	杂合子	父母均为野生型
10	DMD	Exons 45-48 del	p.Glu2146_Glu2366del	MLPA	半合子	母亲杂合携带
11	DMD	Exons 45-53 del	p.Glu2366_Gln2624del	MLPA	半合子	未接受检测
12	DMD	Exons 3-7 del	p.Phe32Metfs*13	MLPA	半合子	未接受检测
13	DMD	Exons 52-53 del	p.Ala2514_Gln2624del	MLPA	半合子	未接受检测
14	DMD	Exons 33-45 del	p.Asn1507Alafs*17	MLPA	半合子	未接受检测
15	LAMA2 （NM_000426.4）	c.819+1G>A		WES	杂合子	父亲杂合携带
	LAMA2 （NM_000426.4）	c.1884G>A	p.Glu628Glu	WES	杂合子	母亲杂合携带

项目	变异位点	ACMG证据	致病性
DMD基因
病例1	Exon 22 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例2	Exons 39-43 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例3	c.2168+1G>T	PVS1+PM2+PP4	致病
病例4	Exons 1-79 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例5	Exons 50-52 del	PVS1+PM1+PM2+PP4	致病
病例6	Exons 22-23 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例7	Exons 49-52 del	PVS1+PM1+PM2+PP4	致病
病例8	Exons 45-53 del	PM1+PM2+PM4+PP4	可能致病
病例9	c.9917_9923 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例10	Exons 45-48 del	PM1+PM2+PM4+PP4	可能致病
病例11	Exons 3-7 del	PVS1+PM2+PP4	致病
病例12	Exons 52-53 del	PM1+PM2+PM4+PP4	可能致病
病例13	Exons 33-45 del	PVS1+PM2+PP4	致病
LAMA2基因
病例14	c.819+1G>A	PVS1+PM2+PM3+PP4	致病
病例15	c.1884G>A	PM2+PM3+PP3+PP4	可能致病