Interferon gamma polymorphisms and the susceptibility to nasopharyngeal carcinoma

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2018.06.005

Abstract

Abstract:

Objective To investigate the association between interferon gamma（IFN-γ）polymorphisms [rs2430561（+874T/A） and rs1861494（+2109A/G）] and the susceptibility to nasopharyngeal carcinoma（NPC）. Methods A total of 150 NPC patients and 150 healthy subjects were enrolled. IFN-γ +874T/A and +2109A/G were determined by polymerase chain reaction（PCR）-sequence-specific primer（SSP） and PCR-restriction fragment length polymorphism（RFLP）,respectively. Results Compared with AA genotype,the risk of rs2430561 +874T/A TT genotype was decreased [odds ratio（OR）=0.132,95% confidence interval（CI） 0.022-0.800,P=0.028]. However,there was no statistical significance for rs1861494 +2109A/G（P>0.05）. Conclusions IFN-γ rs2430561 +874T/A polymorphisms are associated with the susceptibility to NPC.

Key words: Interferon gamma, Nasopharyngeal carcinoma, Genetic susceptibility

CLC Number:

R446.1

XIE Qingqing, OUYANG Bohui, LI En, BI Zhongping, ZHU Shengbo, TANG Jian, SUN Yifan. Interferon gamma polymorphisms and the susceptibility to nasopharyngeal carcinoma[J]. Laboratory Medicine, 2018, 33(6): 486-490.

Figures/Tables 3

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SNP位点	引物	引物序列（5'~3'）	限制性内切酶
+874T/A （rs2430561）	上游引物1	TTCTTACAACACAAATACAATACT
	上游引物2	TTCTTACAACACAAATACAATACA
	下游引物	TCCCATATAAACCTATAATATGCA
内参引物	上游引物	CTTCAACACCCCAGCCTAGTAC
内参引物	下游引物	CCTCAGGGCAGCGAGACC
+2109A/G （rs1861494）	上游引物	GAGAGGTAAGGTGAGAGAGAACC
+2109A/G （rs1861494）	下游引物	AGCAAAGAAGGTCTACAAACT	MspI

SNP位点	引物	引物序列（5'~3'）	限制性内切酶
+874T/A （rs2430561）	上游引物1	TTCTTACAACACAAATACAATACT
	上游引物2	TTCTTACAACACAAATACAATACA
	下游引物	TCCCATATAAACCTATAATATGCA
内参引物	上游引物	CTTCAACACCCCAGCCTAGTAC
内参引物	下游引物	CCTCAGGGCAGCGAGACC
+2109A/G （rs1861494）	上游引物	GAGAGGTAAGGTGAGAGAGAACC
+2109A/G （rs1861494）	下游引物	AGCAAAGAAGGTCTACAAACT	MspI

SNP位点	基因型	基因频率		病例组与对照组相比
SNP位点	基因型	病例组[例（%）]	对照组[例（%）]	OR（95%CI）	P值
+874
	AA	99（66.0）	101（67.3）
	TA	48（32.0）	41（27.3）	1.327（0.775~2.272）	0.536
	TT	3（2.0）	8（5.3）	0.132（0.022~0.800）	0.028
	A	246（82.0）	243（81.0）
	T	54（18.0）	57（19.0）	0.890（0.570~1.388）	0.879
+2109
	AA	94（62.7）	96（64.0）
	AG	52（34.6）	49（32.7）	1.221（0.723~2.062）	0.738
	GG	4（2.7）	5（3.3）	0.317（0.068~1.487）	0.364
	A	240（80.0）	241（80.3）
	G	60（20.0）	59（19.7）	0.942（0.612~1.451）	0.883

SNP位点	基因型	基因频率		病例组与对照组相比
SNP位点	基因型	病例组[例（%）]	对照组[例（%）]	OR（95%CI）	P值
+874
	AA	99（66.0）	101（67.3）
	TA	48（32.0）	41（27.3）	1.327（0.775~2.272）	0.536
	TT	3（2.0）	8（5.3）	0.132（0.022~0.800）	0.028
	A	246（82.0）	243（81.0）
	T	54（18.0）	57（19.0）	0.890（0.570~1.388）	0.879
+2109
	AA	94（62.7）	96（64.0）
	AG	52（34.6）	49（32.7）	1.221（0.723~2.062）	0.738
	GG	4（2.7）	5（3.3）	0.317（0.068~1.487）	0.364
	A	240（80.0）	241（80.3）
	G	60（20.0）	59（19.7）	0.942（0.612~1.451）	0.883