Comparison of 2 high-throughput nucleic acid determination methods for determining multiple respiratory pathogens

doi:10.3969/j.issn.1673-8640.2020.06.016

Abstract

Abstract:

Objective To compare the efficiency of multiplex fluorescence quantitation polymerase chain reaction（PCR） and TaqMan array card（TAC）for determining multiple respiratory pathogens. Methods The clinical respiratory specimens were collected,and the nucleic acid was determined by multiplex fluorescence quantitation PCR and TAC. The sensitivities and specificities of the 2 methods were compared. Results The positive rate,sensitivity and specificity of multiplex fluorescence quantitation PCR were 30.1%,93.4% and 98.9%. The positive rate,sensitivity and specificity of TAC were 27.9%,87.4% and 98.9%. The consistency of the 2 methods was 92.8%,and there was no statistical significance in the sensitivities and specificities of the 2 methods（P>0.05）. Conclusions The sensitivities and specificities of the 2 methods are close. The spectrum of respiratory pathogens determined by TAC is broader,and it can be used as an efficient method for rapid screening of multiple respiratory pathogens in emergency circumstances.

Key words: TaqMan array card, Multiplex fluorescence quantitation polymerase chain reaction, Respiratory pathogen

CLC Number:

R446.1

JING Hongbo, LI Zhan, HE Mu, WANG Yanbo, LI Wen, MA Hongmei. Comparison of 2 high-throughput nucleic acid determination methods for determining multiple respiratory pathogens[J]. Laboratory Medicine, 2020, 35(6): 590-594.

Figures/Tables 3

References 12

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序号	多重荧光定量PCR		TAC		单重实时荧光定量PCR		普通实时荧光定量PCR复核结果
序号	检测结果	CT值	检测结果	CT值	复核结果	CT值	普通实时荧光定量PCR复核结果
1	鼻病毒	24	阴性		鼻病毒	28
2	鼻病毒	18	阴性		鼻病毒	24
3	阴性		鼻病毒	32	鼻病毒	30
4	肠道病毒	32	鼻病毒	29	阴性		阴性
5	肠道病毒	30	阴性		肠道病毒	32
6	阴性		肠道病毒	32	肠道病毒	33
7	阴性		肠道病毒	28	阴性		阴性
8	肺炎支原体+肠道病毒	2 128	阴性		肺炎支原体+肠道病毒	2 430
9	肺炎支原体	34	阴性		肺炎支原体	32
10	肺炎支原体	34	阴性		肺炎支原体	34
11	肺炎支原体	36	阴性		肺炎支原体	35
12	肺炎支原体	36	阴性		肺炎支原体	36
13	阴性		肺炎支原体	34	肺炎支原体	35
14	阴性		肺炎支原体	37	肺炎支原体	36
15	阴性		肺炎支原体	36	肺炎支原体	36
16	阴性		肺炎支原体	34	肺炎支原体	33
17	副流感病毒3型	20	阴性		副流感病毒3型	28
18	副流感病毒3型	32	阴性		阴性		阴性
19	H3N2流感病毒	28	阴性		H3N2流感病毒	30
20	阴性		H3N2流感病毒	36	H3N2流感病毒	34
21	新甲型H1N1流感病毒	32	阴性		阴性		阴性
22	新甲型H1N1流感病毒	30	阴性		新甲型H1N1流感病毒	32
23	新甲型H1N1流感病毒	28	阴性		新甲型H1N1流感病毒	30
24	乙型流感病毒	34	阴性		乙型流感病毒	35
25	乙型流感病毒	34	阴性		乙型流感病毒	35
26	乙型流感病毒	28	阴性		乙型流感病毒	28
27	阴性		乙型流感病毒	30	阴性	30	阴性
28	阴性		呼吸道合胞病毒	24	RSV呼吸道合胞病毒	36
29	阴性		腺病毒	35	腺病毒	32
30	人偏肺病毒	30	阴性		人偏肺病毒	30

序号	多重荧光定量PCR		TAC		单重实时荧光定量PCR		普通实时荧光定量PCR复核结果
序号	检测结果	CT值	检测结果	CT值	复核结果	CT值	普通实时荧光定量PCR复核结果
1	鼻病毒	24	阴性		鼻病毒	28
2	鼻病毒	18	阴性		鼻病毒	24
3	阴性		鼻病毒	32	鼻病毒	30
4	肠道病毒	32	鼻病毒	29	阴性		阴性
5	肠道病毒	30	阴性		肠道病毒	32
6	阴性		肠道病毒	32	肠道病毒	33
7	阴性		肠道病毒	28	阴性		阴性
8	肺炎支原体+肠道病毒	2 128	阴性		肺炎支原体+肠道病毒	2 430
9	肺炎支原体	34	阴性		肺炎支原体	32
10	肺炎支原体	34	阴性		肺炎支原体	34
11	肺炎支原体	36	阴性		肺炎支原体	35
12	肺炎支原体	36	阴性		肺炎支原体	36
13	阴性		肺炎支原体	34	肺炎支原体	35
14	阴性		肺炎支原体	37	肺炎支原体	36
15	阴性		肺炎支原体	36	肺炎支原体	36
16	阴性		肺炎支原体	34	肺炎支原体	33
17	副流感病毒3型	20	阴性		副流感病毒3型	28
18	副流感病毒3型	32	阴性		阴性		阴性
19	H3N2流感病毒	28	阴性		H3N2流感病毒	30
20	阴性		H3N2流感病毒	36	H3N2流感病毒	34
21	新甲型H1N1流感病毒	32	阴性		阴性		阴性
22	新甲型H1N1流感病毒	30	阴性		新甲型H1N1流感病毒	32
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24	乙型流感病毒	34	阴性		乙型流感病毒	35
25	乙型流感病毒	34	阴性		乙型流感病毒	35
26	乙型流感病毒	28	阴性		乙型流感病毒	28
27	阴性		乙型流感病毒	30	阴性	30	阴性
28	阴性		呼吸道合胞病毒	24	RSV呼吸道合胞病毒	36
29	阴性		腺病毒	35	腺病毒	32
30	人偏肺病毒	30	阴性		人偏肺病毒	30

病原体	真阳性	假阳性	假阴性	真阴性	敏感性/%	特异性/%	阳性预测值/%	阴性预测值/%
肺炎支原体	41	0	4	374	91.1	100.0	100.0	98.9
肺炎衣原体	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
3型副流感病毒	5	1	0	413	100.0	99.8	83.3	100.0
H1N1流感病毒	20	1	0	398	100.0	99.7	95.2	100.0
H3N2流感病毒	10	0	1	408	90.9	100.0	100.0	99.8
乙型流感病毒	13	0	0	406	100.0	100.0	100.0	100.0
冠状病毒	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
人偏肺病毒	7	0	0	412	100.0	100.0	100.0	100.0
鼻病毒	6	0	1	412	85.7	100.0	100.0	99.8
肠道病毒	5	1	1	412	83.3	99.8	83.3	99.8
腺病毒	5	0	1	413	83.3	100.0	100.0	99.8
合计	128	3	9	279	93.4	98.9	97.7	96.9

病原体	真阳性	假阳性	假阴性	真阴性	敏感性/%	特异性/%	阳性预测值/%	阴性预测值/%
肺炎支原体	41	0	4	374	91.1	100.0	100.0	98.9
肺炎衣原体	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
3型副流感病毒	5	1	0	413	100.0	99.8	83.3	100.0
H1N1流感病毒	20	1	0	398	100.0	99.7	95.2	100.0
H3N2流感病毒	10	0	1	408	90.9	100.0	100.0	99.8
乙型流感病毒	13	0	0	406	100.0	100.0	100.0	100.0
冠状病毒	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
人偏肺病毒	7	0	0	412	100.0	100.0	100.0	100.0
鼻病毒	6	0	1	412	85.7	100.0	100.0	99.8
肠道病毒	5	1	1	412	83.3	99.8	83.3	99.8
腺病毒	5	0	1	413	83.3	100.0	100.0	99.8
合计	128	3	9	279	93.4	98.9	97.7	96.9

病原体	真阳性	假阳性	假阴性	真阴性	敏感性/%	特异性/%	阳性预测值/%	阴性预测值/%
肺炎支原体	40	0	5	374	88.9	100.0	100.0	98.7
肺炎衣原体	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
3型副流感病毒	4	0	1	414	80.0	100.0	100.0	99.8
H1N1流感病毒	18	0	2	399	90.0	100.0	100.0	99.5
H3N2流感病毒	10	0	1	408	90.9	100.0	100.0	99.8
乙型流感病毒	9	1	3	406	75.0	99.8	90.0	99.3
冠状病毒	5	0	0	414	100.0	100.0	100.0	100.0
人偏肺病毒	6	0	1	412	85.7	100.0	100.0	99.8
鼻病毒	4	1	2	412	66.7	99.8	80.0	99.5
肠道病毒	4	1	2	412	66.7	99.8	80.0	99.5
腺病毒	6	0	0	413	100.0	100.0	100.0	100.0
合计	118	3	17	281	87.4	98.9	97.5	94.3